Meindert van der Kaaij was tot 1992 journalist bij het Leidsch Dagblad en van 1999 tot 2020 bij dagblad Trouw. Tussen die twee betrekkingen was hij freelance journalist in New York voor de Volkskrant, De Morgen, Panorama en BRT-Radio. In 2012 promoveerde hij aan de Leidse Universiteit op de politieke biografie Een eenzaam staatsman. Dirk de Geer (1870-1960). Van 2017 tot 2021 was Van der Kaaij als onderzoeker verbonden aan het Koninklijk Instituut voor Taal-, Land- en Volkenkunde in Leiden.
Voor het onderzoeksproject schreef hij het boek Een kwaad geweten. De worsteling met de Indonesische onafhankelijkheidsoorlog vanaf 1950.